Τα Προγράμματα Μεταπτυχιακών Σπουδών είναι άρρηκτα συνδεδεμένα με τη φυσιογνωμία του Τμήματος Κοινωνικής Ανθρωπολογίας και Ιστορίας από την εποχή της ίδρυσής του, το ακαδημαϊκό έτος 1987-88.
Σήμερα το Τμήμα οργανώνει και λειτουργεί τρία διεπιστημονικά μεταπτυχιακά προγράμματα, το καθένα με τη δική του, ιδιαίτερη φυσιογνωμία, που απονέμουν Μεταπτυχιακό Δίπλωμα Ειδίκευσης.



Προσφέρεται επίσης η δυνατότητα εκπόνησης διδακτορικής διατριβής στα επιστημονικά πεδία που θεραπεύονται στο Τμήμα.

Το ακαδημαϊκό προσωπικό του Τμήματος Κοινωνικής Ανθρωπολογίας και Ιστορίας διακρίνεται για το διεπιστημονικό ερευνητικό του έργο που διεξάγεται τόσο με τη μορφή αυτόνομων ερευνών όσο και στο πλαίσιο χρηματοδοτούμενων προγραμμάτων.
Η έρευνα στο Τμήμα συνεπικουρείται από τη λειτουργία ερευνητικών εργαστηρίων. Το 2000 ιδρύθηκαν τα Εργαστήρια Κοινωνικής Ιστορίας, Εθνογραφίας, και Μελετών της Οικογένειας και της Συγγένειας (ΦΕΚ 177/2-8-2000), ενώ το 2016 συστάθηκε το Εργαστήριο Εθνογραφικών Προσεγγίσεων της Γλώσσας.