Η ιστορία ασχολείται με τη μελέτη του παρελθόντος και αποτελεί κλάδο των κοινωνικών επιστημών. Η μελέτη του παρελθόντος είναι πολύ πιο πολύπλοκη απ’ ό,τι εκ πρώτης όψεως φαίνεται, και κυρίως από την εικόνα που έχουν τόσο οι μαθητές της δευτεροβάθμιας εκπαίδευσης όσο και ευρύτερα στρώματα της κοινωνίας. Συνήθως η αντίληψη που επικρατεί για την Ιστορία είναι ότι πρόκειται για μια ενότητα σταθερών γνώσεων για το παρελθόν, στις οποίες μπορεί να ανατρέχει κανείς όποτε χρειαστεί. Μια πολύ συνηθισμένη εκδοχή αυτής της αντίληψης εκλαμβάνει την ιστορία ως ένα διαχρονικό άθροισμα συμβαντολογικών πληροφοριών σχετικών με ημερομηνίες σημαντικών γεγονότων, διαδοχές αυτοκρατόρων, μοναρχών ή
πολιτικών κυβερνήσεων, μάχες κ.ά. Αυτή η αντίληψη υποβαθμίζει τόσο τις συστηματικές προσπάθειες αποκατάστασης του παρελθόντος, στο βαθμό που αυτό μπορεί να αποκατασταθεί, όσο και τον πλούσιο μεθοδολογικό και θεωρητικό προβληματισμό των ιστορικών στην Ελλάδα και διεθνώς. Οι ιστορικές σπουδές δεν συνδέονται απλώς με την ανακύκλωση ήδη γνωστών πραγμάτων αλλά με την επέκταση της ιστορικής σκέψης σχετικά με το τι ακριβώς συνιστά το παρελθόν.
Στο πλαίσιο αυτό, το παρελθόν αντιμετωπίζεται ως πρόβλημα μάλλον, παρά ως σαφώς οριοθετημένη πηγή γνώσεων. Μετά την εισαγωγή και εδραίωση της κοινωνικής ιστορίας που ήρθε σε ρήξη με παλαιότερα παραδείγματα ιστορικής έρευνας που επικεντρώνονταν στην διερεύνηση των «μεγάλων γεγονότων» και των επιφανών προσώπων, η συζήτηση για το παρελθόν και την ιστορία διευρύνεται συνεχώς, με αποτέλεσμα το πεδίο των ιστορικών σπουδών να απασχολούν πλέον θέματα όπως η ιστορία του φύλου, η πολιτισμική ιστορία, ο τρόπος γραφής της ιστορίας κ.ά. Η ιστορικοποίηση, δηλαδή η απόπειρα κατανόησης των φαινομένων στο πλαίσιο της εποχής τους, και η διερεύνηση της τομής και της συνέχειας στον ιστορικό χρόνο αποτελούν πλέον βασικά μελήματα της ιστορικής έρευνας. Ταυτόχρονα όλο και περισσότερο αναγνωρίζεται η σημασία των χρήσεων του παρελθόντος στο παρόν, ο τρόπος δηλαδή που συγκεκριμένες κοινωνίες επανερμηνεύουν το παρελθόν, θετικά ή αρνητικά, και το χρησιμοποιούν συστηματικά στα συμφραζόμενα της δικής τους εποχής, συχνά πολύ απομακρυσμένης από το παρελθόν που επικαλούνται.
Αν και δεν υπάρχει συναίνεση στον χώρο των ιστορικών σχετικά με επιστημολογικά ζητήματα (όπως το ιδεώδες της αντικειμενικότητας, η δυνατότητα πλήρους και οριστικής αποκατάστασης του παρελθόντος, η ανάγκη της διεπιστημονικότητας, κ.ά.) ή με ζητήματα που αφορούν τις προτεραιότητες της ιστορικής έρευνας (όπως η έμφαση στη μακρά ή τη μικρή διάρκεια, η προτεραιότητα στην κοινωνική ιστορία σε σχέση με την παλαιότερη προτίμηση στην διπλωματική ιστορία, κ.ά.), οι συζητήσεις που γίνονται στους κόλπους της ιστορικής κοινότητας είναι ιδιαίτερα πλούσιες και οι καρποί της ιστορικής έρευνας έχουν επηρεάσει πολλαπλά άλλες συγγενείς επιστήμες.
Οι ιστορικές σπουδές στο Τμήμα Κοινωνικής Ανθρωπολογίας και Ιστορίας παρακολουθούν αυτόν τον πλούσιο προβληματισμό και προσαρμόζονται συνεχώς στα νέα δεδομένα της ιστορικής έρευνας. Μακριά από την «ελληνοκεντρική» αντίληψη των ιστορικών σπουδών που κυριάρχησε στην ελληνική τριτοβάθμια εκπαίδευση και εξακολουθεί ακόμη και σήμερα να ισχύει σε πολλά προγράμματα ιστορικών σπουδών, οι ιστορικές σπουδές στο Τμήμα έχουν προσανατολιστεί στην προσφορά ενός σύγχρονου και πλούσιου προγράμματος που παρέχει γνώσεις τόσο σε γενικά όσο και σε εξειδικευμένα θέματα.
Η οργάνωση των σπουδών αυτών διακρίνεται σε δύο αλληλένδετα επίπεδα. Το πρώτο αφορά την παροχή μαθημάτων γενικού χαρακτήρα τα οποία εξετάζουν μεγάλες ή μικρότερες χρονικές ενότητες εστιασμένες στην ιστορία συγκεκριμένων χώρων. Στο πλαίσιο αυτό διδάσκεται η Νεότερη και η Σύγχρονη Ευρωπαϊκή Ιστορία, η Νεότερη και Σύγχρονη Ελληνική Ιστορία, η Ιστορία του Αρχαίου Κόσμου, η Ιστορία της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας κλπ. Τα μαθήματα αυτά διαχέονται, ανάλογα με τον βαθμό δυσκολίας, και στους δύο κύκλους σπουδών του Τμήματος. Στόχος τους είναι η παροχή γνώσεων, η εξοικείωση των φοιτητών με τα θέματα αυτά και ο εμπλουτισμός της κριτικής τους σκέψης.
Το δεύτερο επίπεδο οργάνωσης των ιστορικών σπουδών αφορά εξειδικευμένα μαθήματα, που εξετάζουν θέματα όπως η ιστορία των νοοτροπιών, ο εθνικισμός, το αστικό φαινόμενο, η αποικιοκρατία, η ιστορική δημογραφία, η ιστορία του τοπίου, η δουλεία στην αρχαιότητα, κ.ά. Στα μαθήματα αυτά οι φοιτητές όχι μόνο έρχονται σε επαφή με την έρευνα και τον προβληματισμό που αναπτύσσεται, αλλά και σε συστηματική επαφή με πηγές για τα συγκεκριμένα αντικείμενα. Το Τμήμα θεωρεί ότι η προσφορά των ιστορικών μαθημάτων δίνει ένα σύγχρονο και ευέλικτο στίγμα για τις ιστορικές σπουδές και την κατεύθυνση που πρέπει να έχουν. Επιπλέον, υπάρχει μέριμνα έτσι ώστε οι ιστορικές σπουδές στο Τμήμα να επικοινωνούν με τα μαθήματα της ανθρωπολογίας παρέχοντας έτσι στους φοιτητές ολοκληρωμένη και όχι αποσπασματική εικόνα για την αλληλεπίδραση παρελθόντος και παρόντος.