Η μεταπτυχιακή διπλωματική εργασία αποτελεί το προϊόν έρευνας και συγγραφής για θέμα που εντάσσεται στα γνωστικά αντικείμενα που θεραπεύει το ΠΜΣ. Η μεταπτυχιακή διπλωματική εργασία πρέπει να έχει ερευνητικό χαρακτήρα που, εφόσον εντάσσεται στο πεδίο της Ιστορίας, σχετίζεται με την κριτική εξέταση πηγών, την ιστοριογραφική ανάλυση της υπάρχουσας βιβλιογραφίας, ή με ένα συνδυασμό και των δύο. Όλες οι μεταπτυχιακές εργασίες θα πρέπει να αποδέχονται τις αρχές ακαδημαϊκής δεοντολογίας και ηθικής της έρευνας του Ιδρύματος. Η έκτασή της θα πρέπει να κυμαίνεται μεταξύ 10.000 και 15.000 λέξεων. Κατ’ εξαίρεση γίνονται δεκτές και εκτενέστερες εργασίες.

Η επιλογή του θέματος γίνεται από τους/τις φοιτητές/τριες σε στενή συνεργασία με τον/την επιβλέποντα/ουσα καθηγητή/τρια που έχουν επιλέξει, ανάλογα με τα ενδιαφέροντά τους και αφού προηγουμένως έχουν συζητήσει διεξοδικά μαζί του/της. Ο σχεδιασμός της έρευνας γίνεται με ευθύνη του/της επιβλέποντος/ουσας. Οι φοιτητές/τριες ξεκινούν την έρευνα για τη διπλωματική εργασία το δεύτερο εξάμηνο και την ολοκληρώνουν κατά τη διάρκεια της θερινής περιόδου. Ενδιαμέσως, στο ετήσιο Επιστημονικό Εργαστήριο που γίνεται τον Ιούνιο, παρουσιάζουν την ερευνητική πρόταση, τη σχετική βιβλιογραφική έρευνα και μια πρώτη εκδοχή της δομής και του περιεχομένου, και λαμβάνουν ανατροφοδότηση όχι μόνο από επιβλέποντα/ουσα καθηγητή/τρια αλλά και από τους υπόλοιπους συμμετέχοντες (διδάσκοντες/ουσες και φοιτητές/τριες του ΠΜΣ, προσκεκλημένους/ες καθηγητές/τριες).