Το Τμήμα μας υπήρξε το πρώτο Τμήμα Κοινωνικής Ανθρωπολογίας στην Ελλάδα και η ιστορία του χωρίζεται σε δύο φάσεις. Το Τμήμα περιλαμβάνονταν στο Προεδρικό Διάταγμα με το οποίο ιδρύθηκε το Πανεπιστήμιο Αιγαίου το 1984 (ΠΔ 83/1984-ΦΕΚ 31, τ. Α) ως ένα από τα δύο Τμήματα στην μονάδα της Μυτιλήνης και με τον τίτλο «Τμήμα Ιστορίας και Κοινωνικής Ανθρωπολογίας».

Στην πρώτη φάση της ιστορίας του, από το 1987 μέχρι το 2002, λειτούργησε ως «Τμήμα Κοινωνικής Ανθρωπολογίας» (ονομασία που θεσμικά κατοχυρώθηκε το 1989 με το ΠΔ 376) με ένα άτυπο κύκλο μεταπτυχιακών σπουδών που οδηγούσε σε διδακτορικό τίτλο και ένα τυπικό κύκλο προπτυχιακών σπουδών. Υποδέχτηκε για πρώτη φορά φοιτητές στον διετή κύκλο προετοιμασίας υποψήφιων διδακτόρων το 1987, ενώ το τετραετές προπτυχιακό πρόγραμμα σπουδών του άρχισε να λειτουργεί το 1988. Το 1989 εντάχθηκε, ως το αρχαιότερο Τμήμα της, στη νεοϊδρυθείσα Σχολής Κοινωνικών Επιστημών μαζί με το Τμήμα Γεωγραφίας, το Τμήμα Κοινωνιολογίας και το Τμήμα Πολιτισμικής Τεχνολογίας και Επικοινωνίας. 

Στη δεύτερη φάση της ιστορίας του, από το 2002 μέχρι σήμερα, το Τμήμα λειτουργεί με τη σημερινή του ονομασία («Τμήμα Κοινωνικής Ανθρωπολογίας και Ιστορίας») που οριστικοποιήθηκε θεσμικά με Ν. 3027/2002 (άρθρο 3.1.δ-ΦΕΚ 152, τ. Α). Σε αυτή τη φάση, στο νέο θεσμικό περιβάλλον οργάνωσης των μεταπτυχιακών σπουδών, κατοχυρώθηκε ως ΠΜΣ ο άτυπος μέχρι τότε διετής κύκλος ενώ δίπλα του λειτούργησαν και νέα ΠΜΣ. Παράλληλα αναπτύχθηκαν τα Εργαστήρια του Τμήματος και νέοι κύκλοι εκπαιδευτικής δραστηριότητας όπως τα Διεθνή Θερινά Σχολεία.

Η ανάπτυξη του Τμήματος σε προσωπικό, φοιτητές και υλικοτεχνική υποδομή είναι εντυπωσιακή. Την πρώτη χρονιά λειτουργίας του 1987-88, παρακολούθησαν μαθήματα είκοσι (20) μεταπτυχιακοί φοιτητές που έφεραν την ιδιότητα του Έμμισθου Μεταπτυχιακού Υποτρόφου. Την επόμενη χρονιά, το Τμήμα δέχθηκε τους πρώτους πενήντα (50) προπτυχιακούς του φοιτητές. Σήμερα οι προπτυχιακοί φοιτητές του Τμήματος ανέρχονται σε τετρακόσιους πενήντα (450) και οι εγγεγραμμένοι υποψήφιοι διδάκτορες σε τριάντα (30). Οι πρώτοι προπτυχιακοί φοιτητές της Κοινωνικής Ανθρωπολογίας αποφοίτησαν το 1992. Στο Τμήμα λειτουργούν τέσσερα θεσμοθετημένα εργαστήρια τα οποία υποστηρίζουν ενεργά τις διδακτικές και ερευνητικές δραστηριότητες του Τμήματος τόσο σε προπτυχιακό όσο και σε μεταπτυχιακό επίπεδο. Πρόκειται για το Εργαστήριο Εθνογραφίας, το Εργαστήριο Ιστορίας, το Εργαστήριο Οικογένειας και Συγγένειας και το Εργαστήριο Εθνογραφικών Προσεγγίσεων της Γλώσσας. Στο Τμήμα λειτουργεί επίσης από το 1992 εργαστήριο ηλεκτρονικών υπολογιστών για τις ανάγκες των προπτυχιακών και μεταπτυχιακών φοιτητών.

Το Τμήμα δίνει έμφαση στην ανάπτυξη των μεταπτυχιακών σπουδών. Ο μεταπτυχιακός κύκλος σπουδών του Τμήματος υπήρξε ένας από τους πρώτους στην Ελλάδα και ο μόνος στον κλάδο της Κοινωνικής Ανθρωπολογίας. Ο διετής κύκλος προετοιμασίας υποψήφιων διδακτόρων συγκέντρωσε μεγάλο ενδιαφέρον από την πλευρά των φοιτητών και λειτούργησε με επιτυχία έως το 2000. Το 2001/2 ο κύκλος αυτός αντικαταστάθηκε από το διετές πρόγραμμα «Κοινωνική και Ιστορική Ανθρωπολογία», ενώ το 2003/4 λειτούργησε, χάρη στη χρηματοδότηση των ΕΠΕΑΕΚ, ένα δεύτερο μονοετές πρόγραμμα μεταπτυχιακών σπουδών με τον τίτλο «Γυναίκες και Φύλα: Ανθρωπολογικές και Ιστορικές Προσεγγίσεις», το οποίο και αποτέλεσε το πρώτο πρόγραμμα μεταπτυχιακής ειδίκευσης στις σπουδές φύλου στην Ελλάδα. Από το 2007 και εξής, μετά το πέρας της αρχικής χρηματοδότησής του από τα ΕΠΕΑΕΚ, το πρόγραμμα αυτό λειτουργεί ενταγμένο πλήρως στις δραστηριότητες του Τμήματος. Από το 2014-15 το πρόγραμμα μετονομάστηκε σε «Φύλο, Πολιτισμός και Κοινωνία». Τέλος, από το 2015-16 λειτουργεί το εντατικό μονοετές πρόγραμμα μεταπτυχιακών σπουδών «Κρίση και Ιστορική Αλλαγή». Το Τμήμα δέχεται επίσης υποψήφιους διδάκτορες μετά από σχετική διαδικασία που ορίζει ο Κανονισμός Μεταπτυχιακών Σπουδών.