Το Τμήμα Κοινωνικής Ανθρωπολογίας και Ιστορίας του Πανεπιστημίου Αιγαίου λειτουργεί από το ακαδημαϊκό έτος 2015-16 εντατικό μονοετές Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (ΠΜΣ) με τίτλο «Κρίση και Ιστορική Αλλαγή», το οποίο απονέμει Μεταπτυχιακό Δίπλωμα Ειδίκευσης.
Το ΠΜΣ «Κρίση και Ιστορική Αλλαγή» προσφέρει μια σφαιρική εξέταση του ζητήματος της ιστορικής μεταβολής στα μείζονα πεδία της ανθρώπινης δράσης, μέσα από συγκεκριμένα κάθε φορά ιστορικά παραδείγματα, ενώ παράλληλα εκπαιδεύει τους φοιτητές στα μεθοδολογικά εργαλεία και τις αναλυτικές προσεγγίσεις της σύγχρονης ιστορικής έρευνας.
Στη διάρκεια του εαρινού εξαμήνου, παράλληλα με την παρακολούθηση των μαθημάτων, οι φοιτητές εκπονούν ιστορική έρευνα, την οποία και παρουσιάζουν σε ειδικό επιστημονικό εργαστήριο στο τέλος του εξαμήνου.