Η Έφη Πλεξουσάκη σπούδασε νομικά στη Νομική Σχολή του Πανεπιστημίου Αθηνών και έκανε μεταπτυχιακές σπουδές εθνολογίας και κοινωνικής ανθρωπολογίας στην Ecole des Hautes Etudes en Sciences Sociales στο Παρίσι. Έχει διδάξει στο Πανεπιστήμιο Κρήτης, στο Πάντειο Πανεπιστήμιο, στο Πανεπιστήμιο Αθηνών, στο Δημοκρίτειο Πανεπιστήμιο Θράκης και από το 2000 διδάσκει στο Πανεπιστήμιο Αιγαίου. Από το 2002 έως το 2017 δίδαξε ως Συμβουλευτικό Εκπαιδευτικό Προσωπικό στο Ελληνικό Ανοικτό Πανεπιστήμιο στην μεταπτυχιακή θεματική ενότητα «Εκπαίδευση: Πολιτισμικές διαφορές και κοινωνικές ανισότητες».
Η διδακτορική της διατριβή με τίτλο: «Περιπέτειες του σώματος: αρρώστια και θεραπευτικές πρακτικές στην ανατολική Κρήτη» στηρίζεται σε επιτόπια έρευνα στην ορεινή Κρήτη. Συμμετείχε σε ερευνητικές ομάδες του Laboratoire d’Anthropologie Sociale Ecole Normale στο Παρίσι και του Εθνικού Κέντρου Κοινωνικών Ερευνών στην Αθήνα. Ανάμεσα στο 1997 με 2000 πραγματοποίησε έρευνα στην περιοχή της Θράκης για τη σχέση του μειονοτικού πληθυσμού με την εκπαίδευση στο πλαίσιο του προγράμματος του Πανεπιστημίου Αθηνών με τίτλο «Εκπαίδευση Μουσουλμανοπαίδων». Ανάμεσα στα έτη 2006-2008 και 2010-2013 συμμετείχε ως επιστημονική σύμβουλος και μέλος της πενταμελούς ομάδας σχεδιασμού και συντονισμού του παραπάνω προγράμματος που έχει το χαρακτήρα εκπαιδευτικής παρέμβασης στη μειονοτική εκπαίδευση στη Θράκη και χρηματοδοτήθηκε από το ΥΠΕΠΘ στο πλαίσιο διαδοχικών κοινοτικών χρηματοδοτήσεων (Β’ και Γ’ Κοινοτικό Πλαίσιο Στήριξης).
Η παλιότερη έρευνά της αφορά σε αναπαραστάσεις της αρρώστιας και πρακτικές της υγείας στον ελληνικό αγροτικό χώρο καθώς και σε πολιτικές και πρακτικές του AIDS σε σχέση με ζητήματα ετερότητας και θρησκείας. Πρόσφατα ερευνητικά της ενδιαφέροντα αφορούν ζητήματα μειονοτήτων και εκπαίδευσης, συλλογικές ταυτότητες και διαδικασίες πολιτισμικής διαφοροποίησης στην ελληνική κοινωνία.
Έχει γράψει (2004) το βιβλίο «Πολιτισμός και σχολείο» στη σειρά Κλειδιά και Αντικλείδια», που συντόνισε και επιμελήθηκε η Αλεξάνδρα Ανδρούσου, www.kleidiakaiantikleidia.net. Πρόσφατα (2014) επιμελήθηκε και έγραψε την Εισαγωγή για το συλλογικό τόμο «Μεταμορφώσεις του εθνικισμού: επιτελέσεις της συλλογικής ταυτότητας στην Ελλάδα» στη σειρά «Αναθεωρήσεις του πολιτικού» των εκδόσεων Αλεξάνδρεια.