Η Έφη Πλεξουσάκη σπούδασε νομικά στη Νομική Σχολή του Πανεπιστημίου Αθηνών και έκανε μεταπτυχιακές σπουδές Εθνολογίας και Κοινωνικής ανθρωπολογίας στην Ecole des Hautes Etudes en Sciences Sociales στο Παρίσι 1985-1991). Έχει διδάξει στο Πανεπιστήμιο Κρήτης, στο Πάντειο Πανεπιστήμιο, στο Πανεπιστήμιο Αθηνών, στο Δημοκρίτειο Πανεπιστήμιο Θράκης και από το 2000 διδάσκει στο Πανεπιστήμιο Αιγαίου. Από το 2002 έως το 2017 δίδαξε ως Συμβουλευτικό Εκπαιδευτικό Προσωπικό (ΣΕΠ) στο Ελληνικό Ανοικτό Πανεπιστήμιο στην μεταπτυχιακή θεματική ενότητα «Εκπαίδευση: Πολιτισμικές διαφορές και κοινωνικές ανισότητες».
Η παλιότερη έρευνά της αφορά σε αναπαραστάσεις της αρρώστιας και πρακτικές της υγείας στον ελληνικό αγροτικό χώρο καθώς και σε πολιτικές και πρακτικές του AIDS σε σχέση με ζητήματα ετερότητας και θρησκείας. Πρόσφατα ερευνητικά της ενδιαφέροντα αφορούν ζητήματα μειονοτήτων και εκπαίδευσης, συλλογικές ταυτότητες και διαδικασίες πολιτισμικής διαφοροποίησης στην ελληνική κοινωνία.
Συμμετείχε σε ερευνητικές ομάδες του Laboratoire d’Anthropologie Sociale Ecole Normale στο Παρίσι και του Εθνικού Κέντρου Κοινωνικών Ερευνών στην Αθήνα με αντικείμενο το σώμα ως κοινωνικοπολιτισμικό φαινόμενο και την πρόσληψη του Άλλου στον αστικό χώρο της Αθήνας. Ανάμεσα στο 1997 με 2000 πραγματοποίησε έρευνα στην περιοχή της Θράκης για τη σχέση του μειονοτικού πληθυσμού με την εκπαίδευση στο πλαίσιο του προγράμματος του Πανεπιστημίου Αθηνών με τίτλο «Εκπαίδευση Μουσουλμανοπαίδων». Ανάμεσα στα έτη 2006-2008 και 2010-2013 συμμετείχε ως επιστημονική σύμβουλος και μέλος της πενταμελούς ομάδας σχεδιασμού και συντονισμού του παραπάνω προγράμματος που έχει το χαρακτήρα εκπαιδευτικής παρέμβασης στη μειονοτική εκπαίδευση στη Θράκη και χρηματοδοτήθηκε από το ΥΠΕΠΘ στο πλαίσιο διαδοχικών κοινοτικών χρηματοδοτήσεων (Β’ και Γ’ Κοινοτικό Πλαίσιο Στήριξης). Από το 2017 είναι ιδρυτικό μέλος του Παρατηρητηρίου για την Προσφυγική και Μεταναστευτική Κρίση στο Αιγαίο που εδρεύει στο Εργαστήριο Εθνογραφίας του ΤΚΑΙ.
Έχει γράψει (2004) το βιβλίο «Πολιτισμός και σχολείο» στη σειρά Κλειδιά και Αντικλείδια», που συντόνισε και επιμελήθηκε η Αλεξάνδρα Ανδρούσου, www.kleidiakaiantikleidia.net. Το 2014 επιμελήθηκε και έγραψε την Εισαγωγή για το συλλογικό τόμο «Μεταμορφώσεις του εθνικισμού: επιτελέσεις της συλλογικής ταυτότητας στην Ελλάδα» στη σειρά «Αναθεωρήσεις του πολιτικού» των εκδόσεων Αλεξάνδρεια.